מעבר לשינקנסן המהיר, ישנן חלופות זולות יותר.
אוטובוסים ליליים מקשרים בין ערים גדולות במחיר נמוך (וגם חוסכים עלות לילה במלון), אם כי הנסיעה אורכת זמן רב יותר.
בנוסף, טיסות פנים עם חברות לואו-קוסט יפניות הן אופציה משתלמת למרחקים ארוכים או יעדים כמו אוקינאווה והוקאידו.
לרוב, הרכבת היא הבחירה הנוחה ביותר, אך מטיילים בתקציב מצומצם או בלוח זמנים הדוק יכולים לשלב אוטובוסים או טיסות בהתאם לצורך.